《瘟疫论》为明末医学家吴有性（字又可）著。全书分两卷，上卷五十篇，阐述瘟疫之病因、病机、证候、治疗，并从多方面论述温疫与伤寒的不同。下卷三十五篇，论述温疫的兼证，有数篇论述温疫名实和疫疬证治。后附补遗一卷。此本大致为清乾隆时期天都黄晟校刊醒医六书本。
《温疫论》亦作《瘟疫论》是一部中医药防治温疫病的专著。吴有性对瘟疫病因和传染途径的认识，较之前人有较大突破。从而为传染病的认识和治疗开创了新的途径。吴氏参考古今医案，创造了一些实用有效的治法。并将个人心得及平日所用有效方法，于崇祯十五年（1642）著成本书。上卷载文 50 篇，阐发温疫病因、病机、证候及治疗，论述温疫与伤寒不同之理；下卷载文 35 篇，叙述温疫各兼挟症。指出了瘟疫与伤寒的鉴别和治法，详细记载了瘟疫病因、初起、病机、传变途径、发病规律及治疗方法。创 “温疫疠气” 病因学说，认为疫病是由戾气从口鼻侵入体内引起，用药可制服。戾气不同，引起的疫病不同，侵犯的脏腑亦不同。且痘疹与疔疮的化脓感染亦由戾气引起。见解独到，发展了古代六淫致病学说，在世界传染病流行病史上处于领先地位。本书亦很重视热性病的食疗，载有 “论食” 一节。
据《吴江县志》记载，在《温疫论》成书的明崇祯时期，吴县连年发生疫病流行，一巷百余家，无一家幸免；一门数十口，无一口幸存。吴又可在《温疫论》原序中说 “崇祯辛巳，疫气流行，感者多，于五六月益甚，或合门传染。其于始发之时，每见时师误以正伤寒法治之，未有不殆者……医者彷徨无措，病者日近危笃。病愈急，投医愈乱。不死于病，乃死于医；不死于医，乃死于古册之遗忘也。” 他在这样的环境中，深感当时医学的不足，发出 “守古法则不合今病，舍今病而别搜古书，斯投剂不效……千载以来，何生民之不幸如此” 的感叹，因此在临床实践中 “静心穷理，格其所感之气、所入之门、所抵之处，与夫传变之体”，著成《温疫论》，提出必须从病因到治疗对温病与伤寒作明确区分。