新疆古称西域。“西域”的概念有广义和狭义之分，在不同的历史时期，其范围也多有变化。用西域指称新疆维吾尔自治区为核心的区域，从汉代以来一直延续到了清朝中期。乾隆年间经营西北，“西域”的概念过渡为“西域新疆”，并逐渐以“新疆”作为专有名词指称西域，故祁韵士在嘉庆年间撰著的《西陲要略》中，有“今之新疆即古西域”的定义。光绪年间，左宗棠收复天山南北失地，力主建省，于是从光绪十年（1884）起，“甘肃新疆省”及其简称“新疆”在行政称谓中完全替代了西域的旧名。
清代后期，《新疆图志》的编纂成为新疆地方通志在清代最后的总结。以王树枬为代表的清末新疆官员，承担起了为建省后的新疆谱写新志的重任。《新疆图志》从光绪三十三年开始编纂（1907），宣统三年（1911）完成，由新疆通志局活字印刷行世。因此，这部纂修于新疆建省以后、完成于辛亥革命期间的通志，也是中国封建王朝时代有关新疆的最后一部通志。《新疆图志》皇皇巨著，凡一百一十六卷、二百多万字，不仅在数量上超越了以往的志书，其承载时空的悠长、完备，编纂观念的守正、趋新，也都后来居上，成为新疆地方通志的殿军。
所以，在掀开中国现代史的篇章前，《新疆图志》堪称是一部为古代新疆做了全面总结的集大成的百科全书。
《新疆图志》在编纂之初，定名为《新疆通志》，但最终可能因为丰富的地图绘製，使本书採用了传统的图志并称的书名，而改为《新疆图志》。
《新疆图志》最初可能印行过先期纂修好的个别分志单行本。因为《新疆图志》是按照二十九种分志分别纂修，所以各志完成的时间也不一致，提前完成的各志，似乎也都在全书印行之前有单册印行的情况。1910年莫理循经行西北，到达乌鲁木齐，就曾记録《新疆图志》已经完成了九卷的情况，以上的分志，估计就有莫理循所及见者。
这部《新疆图志》全帙最早的印行本，当在宣统三年十二月，即公元1912年1-2月间，由新疆通志局在乌鲁木齐利用木活字排版刷印（以下简称“志局本”）。该书一百一十六卷、卷首一卷，装订为一百一十七册。封面均有隶书“新疆图志 少鲁题籤 辛亥冬月”字样贴签，少鲁即王学曾的字，可知刷印装订的时间不早于宣统三年十月，而卷首袁大化的总序所署年代为“宣统三年岁次辛亥嘉平月上澣”，则全书最后印行完成也当在十二月底了。这部木活字本的印行，除了上节指出的失误之外，还留下不少製版错误，如植字颠倒、转向以及许多排版中的误植、脱讹，在印行之后不得不另钤红色活字做旁改处理，这种情况每卷都有。加之当时新疆的纸张、活字品质都难臻完美，印刷漫漶之处也在在多有。
《新疆图志》第二次印行，在民国十二年（1923）。其时罗振玉、王国维等发起在中国成立东方学会，于北京、天津设立总会所，并“设印书局以流通古今书籍并本会学术杂志”，于是在辛亥年间仓促印行的《新疆图志》得到东方学会的推荐，在天津得以重印。该书封面贴签题“新疆图志”，而内封题“重校订新疆图志百十六卷”，牌记题作“岁癸亥东方学会据志局本重校正增补天津博爱印刷局印行”，铅字排印，分装四函、三十二册，印刷精美，其铅字、用纸和装帧都堪称上乘，一改志局本的粗糙。东方学会本除了改正志局本上明显的红字所改正的错误外，对于志局本一些古雅生僻的用字，也往往改正为通行而易于理解的字词。此外，东方学会本还在具体的编排上做了修正。不过，东方学会本在排版过程中，也产生了不少新添的文字讹误，均以不熟悉西北史地而有鲁鱼亥豕之失。从整理本的校勘记可知，东方学会本改正志局本错误的功绩，适与其造成新的舛误可以等量齐观。
以上两种刊印本之外，天津图书馆还收藏有一种抄本，凡一百二十卷，卷首一卷，分装为一百二十三册，每册以黄色绸缎包装，故称“黄册本”。其书原为民国实业家、方志收藏名家任凤苞天春园旧藏，多被认为是宣统三年上呈军机处宪政编查馆的精抄本。与印本相较，也多有不同，如其第二册为《礼俗图》，为它本所无。黄册本在《建置志》中还有“两汉沿革图”、“三国西晋六朝沿革图”、“唐代沿革图”、“宋代沿革图”、“元代沿革图”、“明代沿革图”，《国界志》中有“钦差大臣长顺会同俄使佛哩得勘定伊犁中段图”等各图，可见即使在地图本身的製作上，原本也绘製了比现在所能见到者更多的地图。外如袁大化为《新疆图志》各分志撰写的序言，黄册本中除《水道志》前阙如外，其馀二十八分志序言为各本中保留最多者。黄册本中，还保留了王学曾纂修的四卷“补编”，反映了辛亥革命前后新疆的社会状况，保留了那一时期珍贵的资料，不无参考价值。如补编二附録“铁路虚线全图”一幅，让我们瞭解到清末新政中新疆铁路建设的宏伟规划。